一九九八年江澤民主席訪問日本，中日雙方本著“以史為鑒，面向未來”的精神認真總結了兩國關系發展的經驗教訓，一致同意建立中日兩國“致力于和平與發展的友好合作伙伴關系”，發表了《中日聯合宣言》。這是繼《中日聯合聲明》、《中日和平友好條約》之后，指導兩國關系發展的第三個重要文件。
二十世紀九十年代，中日關系繼續得到發展，中日貿易和日本企業對華直接投資迅速增長。從一九九四年以來，日本成為中國最大的貿易伙伴，中國成為日本的第二大貿易伙伴。
1991年8月，日本首相海部俊樹訪華。8月12日，江澤民總書記在北京中南海會見海部俊樹首相。
1992年4月6日至10日，江澤民總書記訪問日本。4月6日，日本首相宮澤喜一在東京迎賓館舉行隆重儀式，歡迎江澤民總書記訪日。江澤民總書記高度評價了中日邦交正常化以來兩國關系的發展。
1992年10月24日，江澤民總書記在北京釣魚臺國賓館會見來華訪問的日本國明仁天皇。
1992年10月24日，江澤民總書記在北京釣魚臺國賓館會見并宴請日本明仁天皇和皇后美智子。1992年，正值中日邦交正常化20周年之際，明仁天皇偕皇后美智子應邀于10月23日至28日對中國進行友好訪問。這是日本天皇首次訪問中國，受到中國政府和人民的熱情歡迎。
1994年3月20日，江澤民主席在北京中南海會見來訪的日本首相細川護熙。
1995年5月3日，江澤民主席在北京中南海會見來訪的日本首相村山富市。
1997年9月5日，江澤民主席會見來訪的日本首相橋本龍太郎。
1998年4月21日，正在日本訪問的中共中央政治局常委、中國國家副主席胡錦濤與日首相橋本龍太郎在東京首相官邸會見。
1998年11月26日，江澤民主席和夫人王冶坪在日本皇宮同日本國明仁天皇和皇后美智子會見。天皇認為江主席的訪問對兩國友好關系的發展具有劃時代的意義，并希望通過這次訪問進一步密切兩國關系。江主席說：“今年是《中日和平友好條約》締結20周年，我愿意同貴國朝野各界在總結過去的基礎上，共同探討和構筑面向21世紀的中日友好合作關系框架。”
2001年10月21日，亞太經合組織第九次領導人非正式會議期間，江澤民主席在上海科技館迎接日本首相小泉純一郎。
