據香港《星島日報》報道，土耳其和以色列過去是親密的軍事盟友，但此次以軍攻擊人道船只事件令兩國關系跌至新低，土國已召回駐以色列大使。

土耳其外交部說以色列的行為不能接受，可能會在兩國關系上造成不能修補的裂痕。該國發表聲明說：“以色列以無辜平民作目標，又一次顯示以色列無視人命及和平。我們強烈譴責以色列不人道的攔截。”

土耳其副總理阿林奇說，土耳其已召回派駐以色列的大使，土耳其本來計劃與以色列的三次聯合軍演將取消，土國要求聯合國安理會召開緊急會議討論事件。

以色列和信奉伊斯蘭教的土耳其曾是親密盟友，但去年土耳其總理埃爾多安多次批評以色列對巴勒斯坦的政策，兩國關系開始轉壞。

以軍與救援船隊沖突的消息傳出后，土耳其有上萬示威者游行至伊斯坦布爾的塔克西姆廣場，警方估計示威人數最少有一萬人。示威者揮舞土耳其和巴勒斯坦的旗幟，高叫口號︰“該死的以色列！我們要以牙還牙，報仇，報仇！”

這次被以軍攔截的船隊，由土耳其的“人權、自由及人道救援基金”(IHH)籌組。土耳其一早已敦促以色列讓船隊安全經過。