污染團難題
湖庫化的另一個直接后果，是污染之后的湖庫，在每次洪水來臨之際大量瀉往下游，形成對下游污染更嚴重的污染團。
由于淮河干流的水被支流中的水庫所截，各個閘壩而成的水庫，最后大多成了各地的污水池。在大雨即將來臨之際，各地的閘壩都通過調節提前釋放出一點水流，希望減輕洪水下瀉時帶給下游的污染壓力。
但人工調節往往不能適應自然界的突然變化。2004年7月中旬，一場突如其來的大雨降臨淮河，淮河上游的沙潁河、渦河等支流相繼開閘放水，滔滔黑水，濁浪翻滾，在淮河干流形成了155公里的黑色污染團。污染團中的污染物總量達38億噸，使河水中的主要污染物指標在平時的基礎上增加了7倍。污水團所到之處，一切生物遇毒皆亡。污水匯入洪澤湖，當地魚鱉蝦蟹悉數斃命，直接經濟損失達31億元。
“主要原因是各地太看重庫區內的水量，平時沒有放出一部分水到淮河徑流中。”朱幼棣說。由水利部們掌控的水庫水，首先通過城建部門賣給當地所在城市的污水處理廠，各個污水處理廠又依靠污水處理費營利。如果淮河全流域開閘保持一定的徑流量，則會使這條產業鏈利潤受損。
王新莊污水處理廠就是一例。坐落于鄭州市東南的王新莊污水處理廠，主要處理鄭州市東南部城區和新區的城市污水，處理后的污水排入淮河上游的二級支流賈魯河，在河南省周口市匯入淮河的一級支流沙潁河。該廠是2005年之前淮河流域建成的最大的污水處理廠。
2001年該廠開始運行，2003年實現年處理污水1.1億噸。然而，由于賈魯河上游來水被截留，基本沒有天然徑流，實際上成為鄭州市區的污水溝；賈魯河和沙穎河沿岸的城市河工業污水又大多沒有處理，雖然污水在王新莊處理廠經過二級處理達標排放，賈魯河還未出鄭州段就又回到劣Ⅴ類水。
“主要是國家配套資金不能承擔起污水處理廠和配套管網的費用。” 淮河水利委員會水資源保護局副局長程緒水介紹，在淮河流域建設一個10萬噸的污水處理廠，國家給予的配套資金是1億元，但是地方配套資金往往不到位。另外，即便建起了污水處理廠，將污水從住戶和企業輸入污水處理廠的管網建設，更需要2?3倍于建廠的資金。受制于這部分資金，淮河流域建成的163座污水處理廠，實際處理能力僅達一半。
這說明，若沒有水利部門的配合，以及全流域的同步治理，單靠幾個污水治理工程是難以實現流域水污染控制目標的。
就水源地污染現狀，本刊記者采訪了國家環保總局環境與經濟政策研究中心學術委員會主任胡濤。
沒有責任追究制度
中國新聞周刊：造成目前水污染加劇的根本原因是什么？
胡濤：是體制。
中國有政策，有收費(排污收費)，有技術設備，有環評，但我們沒有良好的治理體制。今天還有人認為我們是技術、設備不到位，這樣的觀點，我們不能茍同。
據我們研究，中國目前比較缺乏的是一種GOVERMENCE(管治力)，包括政府、立法和司法，這比政策、資金、管理、技術更厲害。
中國新聞周刊：舉例來說……
胡濤：排放污水的企業，都通過了環評報告。那么，太湖也好，淮河也好，應該不會繼續被污染了啊。可是新的污染就在那兒明擺著，從哪兒來的？
這只能說明，很多環評是靠不住的。誰在做環評？是環保局下屬的環科所在做。環評是一種生意，環科所拿企業的錢，環保局負責審批，形成了一個利益鏈。
中國新聞周刊：如果出了假環評，怎樣追究責任？
胡濤：從理論上講，這件事挺簡單：誰批的？誰做的環評？我們可以倒推，很快就可以推出來誰應該承擔責任。但是，我們沒有責任追究制度。起碼，這造成了部門利益的最大化。還拿環保部門為例，大家都知道排污要收費，如果環評得到認真執行，從而關了超標排污企業，環保部門找誰收費去？
不要忘了，我們可是在實行收支兩條線制度，上繳罰款之后，大部分是可以返回給自己部門的。斷了這條線，環保部門肯定會說：我沒錢辦公。但環保局的職責是為當地環境質量負責，沒錢可以找人大、政府要去。
