150年后，到了明萬歷24年（公元1596年），明神宗皇帝朱翊鈞派知州孫鶴年到歸州任職。孫鶴年一到歸州，首先拜謁了清烈公廟，看見年久失修，幾近敗落的祠宇，“惻然憫焉，思與修之”。當了解到歸州“地瘠民貧，財力無力”之后，決定自己省吃儉用，降低州府的財政支出，積累修祠之資。經過一年多的積累，加上秭歸鄉紳富戶的捐資，總算可以開工了。為了使這一年多才攢到的資費能完整地用在維修工程上，孫鶴年請來當地很有名望的長者王一正。王一正見知州這樣認真，當然也就十分負責，不敢馬虎。施工中基本上是在保持原貌的基礎上，見爛修爛。經過三個月的維修，祠宇煥然一新，孫鶴年便將清烈公廟改為“三閭大夫祠”。時逢應天府（南京）巡撫龔文選到云貴川去視察，乘船路過秭歸，專程拜謁三閭大夫祠，看見剛剛維修一新的祠宇，高興之余作了八首五言絕句以緬懷之，其中有一首這樣寫道：一生抱鯁骨/九死等鴻毛/獨恨娥眉妒/汨羅涌怒濤/后來將這八首詩刻上石碑立于祠內。九年后，歸州學政胡穩作了一篇《重修三閭大夫祠記》，并勒石供考。上述兩塊石刻至今仍存于屈原祠內。
在清朝的255年多的時間，曾四度維修屈原祠。清康熙8年（公元1669年），歸州知州王景陽拜謁屈原祠時,見祠宇傾圮。不勝慨然以悲”,于是捐資建祠，施工一年后完工，將三閭大夫祠改為“屈公祠”，親撰《重修屈公祠記》。到了清雍正11年（公元1733年），湖北學政凌如煥第四次到歸州，盛贊屈原為“文章鼓吹呼六經，憤世嫉邪，道德炳麟于千古。孤忠為國，何恤殺身成仁？九死殉君，不辭舍生取義。其在三楚，固為第一流人。歷乎九州，亦屬無雙國士。”并捐出一些銀兩交由歸州府負責修繕。歷三年才完工。歸州拔貢生向治專為此作了一篇《凌學院捐修屈公祠記》以示后人。清乾隆46年（公元1781年），歸州知州王沛膏到任后，進行了自清代以來的第三次修繕。適逢湖北學政吳省欽從施南府（今湖北恩施州）視察考試情況后，坐船順江而下，宿泊歸州屈原沱，由王沛膏陪同拜竭了屈原祠，并逗留數日，將修葺一新的屈公祠改為“楚屈左徒廟”。親自撰著了一篇《修楚屈左徒廟碑記》。第四次維修是在清嘉慶25年（公元1820年），新任歸州知州李炘對其進行修繕，屈原塑像“依唐沈亞之外傳（即屈原外傳）所云：瘦細美髯，長九尺”仿制，其冠裳則按“周上卿大夫之制”配飾。將楚屈左徒廟更名為“楚左徒屈大夫祠”。親自撰寫《重修楚左徒屈大夫祠記》。清代進行的四次修繕，基本上采用了保持原樣，見爛補爛，整舊如新的原則。
清末至民國期間的百余年，由于戰亂之故，加之日本飛機的轟炸，屈原祠成了進出川江的路人寄宿之所。災荒、匪患、兵亂，使屈原祠幾乎面目全非，禿廢不堪的樣子。
中華人民共和國成立以后，秭歸縣地方政府和人民在上級的關懷下，1963年和1965年兩次對屈原祠進行了簡單維修，但仍保持了原樣。二十世紀七十年代，國家要在宜昌南津關修建葛洲壩水利樞紐工程，煙囪廢熱回收座落在屈原沱的屈原祠與庫區人民一樣，成了移民戶。1977年2月，由國家撥款，地方政府負責，將屈原祠遷建到歸州城東3里的向家坪。1982年建成，并更名為“屈原祠”。當年湖北省人民政府將屈原祠定為省級重點文物保護單位。遷建后的屈原祠從占地面積、建筑規模、設施布局都比原來的要大。新祠建好后，更顯得宏偉壯觀，氣勢磅礴，鍋爐余熱回收每年都吸引了大量的中外游客、文人墨客、仁人志士、政界要員前來拜謁參觀。
1992年2月，中共中央政治局委員、國務委員李鐵映到秭歸考察，拜謁了屈原祠。當縣領導匯報由于三峽大壩的興建水晶工藝品，屈原祠又要搬遷的情況后，李鐵映風趣的說：“屈原大夫也成了老移民戶了。”并要求將來在新縣城建一座更好的絲帶繡屈原祠。1997年，中共中央政治局委員、國務院副總理吳儀視察秭歸時，在屈原祠聽取了匯報后說：“這個老移民（屈原）雖然不會向你們提出苛刻要求，但你們一定要把他安排好，三峽工程是世界級工程，屈原是世界名人，秭歸要充分利用好這兩個世界級的牌子，發展旅游事業，新縣城離三峽大壩很近，將來是發展旅游的好地方。
由于受到三峽庫區水位的影響，國家對屈原祠、張飛廟、白鶴梁、石寶寨四處古文物建筑的遷建列為計劃單列項目。秭歸屈原祠的遷建成為湖北省古文物遷建的最大工程項目。在黨中央、國務院和省政府的關懷下，秭歸縣政府初步議定屈原祠的搬遷遵循“原規模、原標準、原功能”的原則思路制定建設規劃。
到2004年，義烏信息網組成專家組，會同省文物局、省移民局、秭歸縣政府進行研究后，決定屈原祠的搬遷工作由省文物局負責設計施工，可行性方案于6月底經省政府組織評審后，呈報國務院。2005年，國務院指示國家“三建委”正式行文，下達遷建計劃：總體方案選址在茅坪鳳凰山，占地30畝，建筑面積5900平方米，總投資4700萬元人民幣，由湖北省文物局負責建成后交由地方政府管理。鳳凰山的總體規劃由秭歸縣政府負責完成。（經過多次設計，論證，屈原祠的遷建在原來的基礎上是檔次提高、規模擴大，投資增加。秭歸縣政府為了配合屈原祠的遷建，已提前在屈原祠山門前的江邊，筑起了萬余平方米的廣場。）建成后的屈原祠將和鳳凰山古民居一同形成三峽大壩庫首最大的風景區，也將成為秭歸縣移民遷建工作中的標志性工程。2006年國務院公布：秭歸縣鳳凰山古民居群、屈原祠為第六批國家重點文物保護單位。
