新版GSP對藥品經營企業的計算機系統、倉儲溫濕度實時監測、冷鏈物流以及運輸設備等提出了新要求，客觀上會給企業帶來資金壓力。
李國慶指出，根據測算，各地區藥品經營企業用于GSP改造的資金投入情況不同，但總體不會超過2011年醫藥商業銷售總額的1%。若能加快批發企業的兼并重組，推進零售連鎖化發展，有效引導、鼓勵合作、合理建設，剔除少數企業從零開始新建或重復建設物流中心的投入，綜合大多數企業軟硬件改造的資金投入數額，整個醫藥商業行業的改造資金約在70億元左右，從目前醫藥商業行業152億元的年經營利潤水平來看，應在行業可承受范圍之內。
從江蘇、遼寧、貴州、云南等14個省市的調查信息看，大約有20%的批發企業、15%的零售企業已經基本符合新修訂藥品GSP認證相關條件，預計有30%的批發企業、20%的零售企業可通過自身努力通過認證。
“雖然這種投入對于藥品經營企業、特別是服務內容單一的中小企業會帶來一定的成本壓力，但在藥品市場競爭不斷加劇，社會對藥品安全要求不斷提高的大背景下，企業必須在人員條件、設施及設備水平以及信息化管理方面上臺階，才能具有更強市場競爭力和藥品安全的保障能力。”李國慶說，新版GSP對企業質量管理體系建設的總體要求是符合企業發展方向的，企業為此增加一定成本也是必須的。而且，在當前政策降低流通費用率和行業提高流通效率趨勢下，這部分成本增加可以被流通服務集約化、規模化的成本優化、流通服務內容和流通服務收益來源的擴大所消化。
