辦案線索多數來自于收集群眾舉報的信訪室，還有部分案件來自于領導交辦或是同級黨政、立法、司法機關的移送案件等。據公開資料顯示，近些年，來自群眾舉報的線索占了案件查辦的半壁江山。
辦理一件貪腐案件時，一般需要經過案件受理、初步核實、立案審批、調查取證、案件審理、處分執行等多道辦案程序。
承辦案件的紀檢監察室會對收到的材料進行登記編號，針對不同情況，提出是否初步核實的意見。初步核實要在立案之前。據了解，這個環節一般要在外圍核查，最忌打草驚蛇，不能觸動案件主要當事人和驚動核心人物。
一旦經過核實確認有違紀違法事實，并需追究黨紀政紀責任，決定進行深入調查，就將案件推進到了立案程序。“有違法違紀事實、并要追究責任”是立案的兩個必要條件。批準立案后，會書面通知、通報被立案人和有關單位。
接下來就進入到調查取證階段，此時，將會有紀檢監察機關迅速組織調查組，并確定組長。調查組的人員數量也根據案件復雜程度來確定。根據查處實踐，近年來，許多干部的腐敗問題已經不僅僅涉及經濟問題，還有人事、生活作風問題，調查組也會隨之設立分組負責不同領域的分工。調查組會根據調查認定的事實，出具處理意見。
之后將移送案件審理室進行審核處理，通過審核后，確認涉嫌違紀干部犯有嚴重錯誤，將對其進行停職檢查和暫停執行公務的決定。同時，為獲得其他有效證據，便對符合條件的違紀黨員實行“雙規”措施。
